Für das Verfahren im Bereich der dritten Säule gelten zwar dieselben Fristen, im übrigen unterscheidet es sich jedoch von dem im Bereich der ersten Säule angewandten Verfahren für eine verstärkte Zusammenarbeit: Die Kommission kann ihrer Stellungnahme eine Empfehlung für die spezifischen Regelungen beifügen, die sie für notwendig hält, damit sich der Mitgliedstaat der betreffenden Zusammenarbeit anschließen kann.
Bij de derde pijler geldt een andere procedure dan bij de eerste, maar met dezelfde termijnen.