Sie stärkt auch die Rolle der unabhängigen nationalen Regulierungsstellen, indem sie unter anderem das Recht einführt, Struktur und Höhe der Entgelte zu prüfen, sowie den Zugang zu den Serviceeinrichtungen (wie Terminals und Bahnhöfe) regelt und die Möglichkeit vorsieht, Prüfungen von Infrastrukturbetreibern, Eisenbahnunternehmen und Betreibern von Serviceeinrichtungen vorzunehmen.
De richtlijn versterkt ook de rol van de onafhankelijke nationale toezichthoudende instanties voor het spoor doordat zij onder meer het recht invoert om toezicht te houden op de structuur en de hoogte van de heffingen alsmede op de regelingen voor de toegang tot dienstvoorzieningen (zoals terminals en stations) en om audits uit te voeren van de rekeningen van infrastructuurbeheerders, spoorwegondernemingen en exploitanten van dienstvoorzieningen.