Darüber hinaus sichert die EMSA die Leitung des gemeinschaftlichen Verkehrsüberwachungs- und Informationssystems, das von der Kommission gemäß Richtlinie 2002/59/EG des Europäischen Parlaments und des Rates vom 27. Juni 2002 über die Einrichtung eines gemeinschaftlichen Überwachungs- und Informationssystems für den Schiffsverkehr entwickelt wurde.
Daarnaast zorgt het EMSA voor het beheer van het follow-up- en informatiesysteem voor het communautair scheepsverkeer, een systeem dat door de Commissie is ontwikkeld in overeenstemming met Richtlijn 2002/59/EG van het Europees Parlement en de Raad van 27 juni 2002 betreffende de invoering van een communautair monitoring en informatiesysteem voor de zeescheepvaart.