Die relative Langwierigkeit dieses Prozesses ist zuweilen der Preis für seine Qualität. Dies gilt insbesondere für die Einrichtung hinreichender Verwaltungs- und Kontrollsysteme, die Einbeziehung der Bewertung im Vorfeld der Programmplanung und eine breitere Konsultation der Öffentlichkeit im Rahmen der Partnerschaft, aber auch für die Überprüfung der Einhaltung der Gemeinschaftspolitiken, vor allem im Bereich der Umwelt- und Wettbewerbspolitik.
Er is sprake van een afweging tussen de tijd die voor de onderhandelingen wordt uitgetrokken, en het resultaat. Dit geldt met name voor aspecten zoals de invoering van toereikende beheers- en controlesystemen, de integratie van de evaluatie in de besluitvorming, het overleg in het kader van het partnerschap en de inachtneming van het communautaire beleid, met name op het gebied van het milieu en de mededingings regels.
