In Anbetracht der zweifachen Rolle der Agentur muss ein, wenngleich nur relativ geringer Teil ihrer Finanzmittel von der Europäischen Union aufgebracht werden und ein anderer Teil durch Gebühren für die Leistungen, die sie für pharmazeutische Unternehmen erbringt, gedeckt werden.
Gelet op de dubbele rol van het Bureau moet een, zij het betrekkelijk klein, deel van zijn begroting worden gedekt door de Europese Unie en een ander deel door vergoedingen voor aan de geneesmiddelenindustrie verleende diensten.