Wegen der komplizierten Anforderungen und des Ausbleibens rechtzeitiger Beschlüsse begann das SAPARD-Programm jedoch mit beträchtlicher Verzögerung und der größte Teil der Mittel wird erst nach dem Beitritt verwendet werden.
De eisen waaraan moet worden voldaan en de traagheid bij de besluitvorming hebben er evenwel toe geleid dat het Sapard-programma veel te laat van start is gegaan en een belangrijk deel van de toewijzingen pas na toetreding zullen kunnen worden gebruikt.