Nachdem die Zuständigkeit der EU auf ATM-Fragen ausgeweitet wurde, leitete Eurocontrol zur Anpassung an den einheitlichen europäischen Luftraum einen Umstrukturierungsprozess ein: erstens, um den Grundsatz der Trennung von Regulierung und Diensteerbringung einzuhalten und zweitens, um Überschneidungen aufgrund der immer wichtiger werdenden Rolle der Kommission und der EASA in Bezug auf Politikgestaltung sowie Regulierungs-, Zertifizierungs- und Aufsichtstätigkeiten zu vermeiden.
Het is dan ook uitgegroeid tot een belangrijk centrum voor deskundigheid op het gebied van luchtverkeersbeheer. Na de uitbreiding van de EU-bevoegdheid tot luchtverkeersbeheer, is Eurocontrol begonnen zich te reorganiseren om zich af te stemmen het beleid inzake het gemeenschappelijk Europees luchtruim: ten eerste om het beginsel van scheiding tussen regelgevende activiteiten en dienstverlening na te leven, en ten tweede om overlapping te voorkomen met de toenemende rol van de Commissie en het EASA op het gebied van beleidsvorming, regelgeving, certificering en toezichtsactiviteiten.
