Diese Grenzwerte können strenger sein als die in dieser Richtlinie vorgesehenen Werte. Bei Metallen und organohalogenen Stoffen müssen bei diesen Grenzwerten zugleich die ursprünglich mit der Richtlinie 2006/11/EG festgesetzten Emissionsgrenzwerte zur Freisetzung bestimmter Stoffe in Meeresgewässer eingehalten werden (die seit 2013 in die Richtlinie 2000/60/EG, die EU-Wasserrahmenrichtlinie, integriert sind).
Voor metalen of gehalogeneerde organische stoffen geldt dat deze waarden moeten voldoen aan de emissieregels die oorspronkelijk overeenkomstig Richtlijn 2006/11/EG waren vastgesteld voor het lozen van bepaalde stoffen in het aquatische milieu (en sinds 2013 zijn opgenomen in Richtlijn 2000/60/EG, de Kaderrichtlijn Water van de EU).