Auch wenn die Richtlinie seit Oktober 1999 für neue Anlagen und bestehende Anlagen, wo der Betreiber wesentliche Änderungen durchführen will, gilt, wurde ein Übergangszeitraum bis Oktober 2007 eingeräumt, was die Gewährung spezieller Beihilfen für industrielle KMU und Landwirte notwendig macht.
Hoewel de richtlijn al sinds oktober 1999 van toepassing is op nieuwe installaties en op bestaande installaties waarvan de exploitanten bereid zijn aanzienlijke wijzigingen aan te brengen, geldt tot oktober 2007 een overgangsperiode. In het kader van die overgangsperiode krijgen de KMO’s in de industrie en de boeren speciale steun.