Im zweiten Zeitraum der Richtlinie (der zusammenfällt mit dem Beginn des internationalen Systems des Emissionshandels, wie im Kyoto-Protokoll vorgesehen) muss diese Richtlinie die Verwendung von Emissionsgutschriften aufgrund von CDM- und JI-Projekten zulassen, sofern diese Projekte keine Kohlenstoffsenken oder Energieerzeugung aus fossilen Brennstoffen oder Nuklearenergie beinhalten.
Met ingang van de tweede periode (die samenvalt met de inwerkingtreding van het in het Protocol van Kyoto bedoelde internationale systeem voor de handel in uitstootrechten) moet het gebruik van op basis van CDM- en JI-projecten verkregen kredieten in de context van de richtlijn worden toegestaan, op voorwaarde dat bij deze projecten geen koolstofreservoirs of installaties voor energiewinning uit fossiele brandstoffen of kernenergie betrokken zijn.
