Während der Großteil der Fondsmittel den nationalen Programmen zugewiesen wird, geht ein Teil an Maßnahmen auf EU-Ebene (sogenannte Unionsmaßnahmen), die Soforthilfe, das Europäische Migrationsnetzwerk und die technische Hilfe durch die Europäische Kommission.
Hoewel het grootste deel van de begroting van het fonds toegekend wordt aan de nationale programma's wordt een deel gebruikt voor acties op EU-niveau (zogenaamde Unieacties), noodsteun aan het Europees Migratienetwerk en technische bijstand van de Europese Commissie.