Um jedoch die Einheitlichkeit des vorhandenen Bahnsystems jedes Mitgliedstaats beizubehalten, umfassen die TSI gegebenenfalls bestimmte Einzelheiten der Anwendung in bestimmten Sonderfällen.
Toch bevatten de TSI’s, waar dat nodig is om de compatibiliteit van de bestaande spoorsystemen in alle lidstaten te handhaven, speciale uitvoeringsbepalingen in de vorm van specifieke gevallen.