Jeder Mitgliedstaat richtet zudem ein nationales Eurojust-Koordinierungssystem ein zur Koordinierung der Arbeit der nationalen Anlaufstellen, der nationalen Eurojust-Anlaufstelle für Terrorismusfragen, der nationalen Anlaufstelle und der Kontaktstellen des Europäischen Justiziellen Netzes sowie der nationalen Mitglieder oder sonstigen Kontaktstellen des Netzes gemeinsamer Ermittlungsgruppen und der Vertreter der Netze für Kriegsverbrechen, Vermögensabschöpfung und Korruptionsbekämpfung.
Bovendien moet elke lidstaat een nationaal coördinatiesysteem opzetten met het oog op het coördineren van de werkzaamheden van de nationale correspondenten voor Eurojust, de nationale correspondent voor Eurojust voor terrorismebestrijding, de nationale correspondent voor en de aanspreekpunten van het Europees justitieel netwerk alsook de nationale vertegenwoordigers en aanspreekpunten van het netwerk inzake gemeenschappelijke onderzoeksteams en de vertegenwoordigers van de netwerken inzake oorlogsmisdrijven, ontneming van vermogensbestanddelen en corruptie.
