Auch wenn der Präsident keine freie Hand bei der Auswahl seiner Kommission hat, so besitzt er gemäß dem Vertrag von Nizza doch die Befugnis, Vizepräsidenten zu ernennen (und zu entlassen) und ein Mitglied der Kommission „nach Billigung durch das Kollegium“ zum Rücktritt aufzufordern.
Hoewel de voorzitter niet de vrije hand heeft bij de keuze van zijn Commissie, heeft hij op grond van het Verdrag van Nice wel de bevoegdheid om vice-voorzitters te benoemen (en te ontslaan) en aan te dringen op het terugtreden van een lid van de Commissie, "na goedkeuring van het college".