Hierzu wird in der Richtlinie eine Reihe von Verwaltungseinheiten, so genannte europäische Meeresregionen, festgelegt. Für diese Meeresregionen müssen die Mitgliedstaaten Meeresstrategien ausarbeiten, wie Folgendes beinhalten: Erstauswertung der Meeresumwelt durch die Staaten, Festlegung von Umweltzielen, Einrichtung eines Programms zur Kontrolle der laufenden Auswertungen und regelmäßige Überprüfung der Ziele, Aufstellung eines Maßnahmenprogramms, das die Erreichung eines guten ökologischen Zustands ermöglichen soll.
Hiertoe wordt op basis van de richtlijn een aantal beheerseenheden opgericht in de vorm van "Europese maritieme regio's". Dit noopt lidstaten tot de ontwikkeling van mariene strategieën die bestaan uit een initiële evaluatie van het mariene milieu van de lidstaten, het vaststellen van milieustreefdoelen, de invoering van een programma voor de controle op lopende evaluaties en regelmatige heroverweging van de doelstellingen, en het opzetten van een programma van maatregelen waardoor een goede milieutoestand kan worden bereikt.
