In jedem der zehn SAPARD-Empfängerländer sind - wie bei den Strukturfonds in den Mitgliedstaaten - allein die Behörden des Landes für die Verwaltung des Instruments verantwortlich; die Kommission führt lediglich Nachkontrollen durch.
Zoals het geval is met structuurfondsen in lidstaten, zijn het in elk van de tien door Sapard begunstigde landen de nationale overheden die de gehele verantwoordelijkheid op zich nemen voor het beheer van dit instrument, en worden zij alleen achteraf gecontroleerd door de Commissie.