Die Agentur nahm ihre Tätigkeit zunächst im Kosovo auf, wo sie die Task Force der Kommission ablöste. Sie war Ergebnis einer Dezentralisierungsstrategie mit dem Ziel, Befugnisse, die gewöhnlich von den Dienststellen der Kommission auf zentraler oder lokaler Ebene wahrgenommen werden, auf eine externe Einrichtung zu übertragen. Wenig später dehnte die Agentur ihre Tätigkeit auf die gesamte Bundesrepublik Jugoslawien (Serbien und Montenegro) und im Dezember 2000 auf die Ehemalige Jugoslawische Republik Mazedonien aus.
Het EBW startte zijn activiteiten in Kosovo (waar het de taken van de Task force van de Commissie overnam) en was het resultaat van een gedecentraliseerde aanpak, met als doel de overdracht aan een extern orgaan van de taken die gewoonlijk door de diensten van de Commissie op centraal of plaatselijk niveau worden uitgevoerd; later breidde het zijn activiteiten uit naar de Federale Republiek Joegoslavië (Servië en Montenegro) en in december 2001 tot de Voormalige Joegoslavische Republiek Macedonië.
