Die Komitologie führt jedoch tendenziell zu einer Verschiebung des Gleichgewichts zwischen den Institutionen innerhalb der Gemeinschaft zum Nachteil des Parlaments, das aus diesem System ausgeschlossen ist, und der Kommission, deren Rolle als Exekutivorgan der Gemeinschaft in Frage gestellt wird.
De comitologie leidt er echter ook toe dat het evenwicht tussen de instellingen binnen de Gemeenschap wordt gewijzigd, ten nadele van het Parlement, dat wordt uitgesloten, en van de Commissie, wier rol als uitvoerend orgaan van de Gemeenschap vervaagt en wordt aangetast.