Erst, wenn der Phase I kein Erfolg beschieden war und das Unternehmen die Aufforderung zurückgewiesen hat, wird das ursprünglich einzige vorgesehene Verfahren (die sogenannte Phase II, neuer Artikel 26b Absatz 3) mit den rechtlichen Gründen, die ein Mitgliedstaat für ein Verbot des Anbaus von GVO anführen kann, angewendet.
Slechts als deze fase I op een mislukking uitdraait en de onderneming de aanvraag verwerpt, wordt de oorspronkelijk enige procedure (de zogenaamde fase II) toegepast (nieuw artikel 26 ter, lid 3).