Ein inzwischen vielfach anerkanntes Hindernis für die Lissabon-Strategie ist die schwach ausgebildete Multi-Level-Governance und die unzureichende Einbeziehung der lokalen und regionalen Gebietskörperschaften in die Umsetzung ihrer Ziele, obwohl zwei Drittel der Investitionen des öffentlichen Sektors auf regionaler und lokaler Ebene getätigt werden und diese Behörden oftmals beträchtliche politische Befugnisse auf sich konzentrieren.
Een van de beperkingen van de Lissabon-strategie die inmiddels duidelijk aan het licht is getreden is het zwakke meerlagige bestuur en de te geringe inbreng van lokale en regionale autoriteiten bij de verwezenlijking van haar doelstellingen, ondanks het feit dat tweederde van de overheidsinvesteringen afkomstig is van het regionale en lokale niveau en dat deze autoriteiten vaak aanzienlijke beleidsbevoegdheden hebben.