Zur Förderung einer ausgewogenen Entwicklung multiregionaler Gebiete unterstützt der EFRE außerdem über die Gemeinschaftsinitiative INTERREG III zahlreiche grenzübergreifende, transnationale und interregionale Kooperationsvorhaben, die unter anderem dem integrierten Küstenzonenmanagement sowie dem Bestandsschutz im Mittelmeer und in der Ostsee dienen.
Om een evenwichte ontwikkeling van multiregionale gebieden te bevorderen, verleent het EFRO via het communautair initiatief INTERREG III ook steun aan verscheidene grensoverschrijdende, transnationale en interregionale samenwerkingsprojecten, waarvan er enkele zijn toegespitst op het geïntegreerd beheer van kustgebieden en op de bescherming van de bekkens van de Middellandse Zee en de Oostzee.