Es gibt aber vier Ausnahmen (das Harmonisierungsamt für den Binnenmarkt, das Gemeinschaftliche Sortenamt, die Europäische Agentur für die Beurteilung von Arzneimitteln und die Europäische Umweltagentur): hier können die Agenturen einen Kandidaten ihrer Wahl ernennen.
Er zijn vier uitzonderingen (het Bureau voor de harmonisatie binnen de interne markt, het Communautair Bureau voor plantenrassen, het Europees Bureau voor de geneesmiddelenbeoordeling en het Europees Milieuagentschap), waar het orgaan in kwestie tot controleur kan benoemen wie het wil.