Das methodische Vorgehen der Kommission gilt nur für die Phase der Vorschlagsausarbeitung. An den Vorschlägen der Kommission können aber vom Rat oder vom Europäischen Parlament Änderungen vorgenommen werden, ohne dass die Auswirkungen dieser Änderungen und ihre Vereinbarkeit mit den Grundrechten systematisch überprüft werden.
Aangezien de methodiek van de Commissie alleen geldt voor het voorbereidende stadium van het wetgevingsproces, kunnen haar voorstellen gewijzigd worden door de Raad of het Europees Parlement zonder dat de gevolgen van de aldus aangebrachte wijzigingen voor en hun verenigbaarheid met grondrechten systematisch worden nagegaan.