Kontroverse Auffassungen gibt es derzeit noch im Hinblick auf die Mittelausstattung des Programms (das Parlament befürwortet eine Anhebung um 400 Mio. ECU) und die Aufteilung dieses zusätzlichen Betrags, insbesondere zugunsten der Aktionsbereiche 2 (internationale Zusammenarbeit) und 3 (Verbreitung und Verwertung der Ergebnisse), sowie die Rolle der GFS (das EP wünscht eine Erhöhung des Betriebsmittel der GFS und eine Verringerung des Anteils der für den Wettbewerb offenen Arbeiten) und die Freigabe des Gesamtbetrags (das Parlament spricht sich gegen eine zweistufige Bereitstellung der Mittel aus).
Het gaat hierbij vooral om het globale bedrag dat voor het programma wordt uitgetrokken (het Europees Parlement is voor een verhoging met 400 miljoen ecu), de verdeling van het aanvullende bedrag dat met name ten goede zou kunnen komen van de activiteiten 2 (internationale samenwerking) en 3 (verspreiding en exploitatie van resultaten), de rol van het GCO (het Europees Parlement wil de operationele begroting van het GCO verhogen en de aan concurrentie onderhevige werkzaamheden in aantal beperken) en de verdeling van het globale bedrag (het Europees Parlement is tegen de verdeling van dit bedrag over twee perioden).