Überprüfungen zur Verwendung der Strukturfondsmittel werden sowohl von den einzelstaatlichen Behörden als auch von den zuständigen Dienststellen der Kommission durchgeführt, die mit den Strukturfonds befasst sind (Generaldirektion Regionalpolitik, Generaldirektion Beschäftigung, soziale Angelegenheiten und Chancengleichheit, Generaldirektion Landwirtschaft und ländliche Entwicklung sowie Generaldirektion Maritime Angelegenheiten und Fischerei).
Audits betreffende het gebruik van structuurdfondsen worden uitgevoerd door de nationale autoriteiten en de voor structuurfondsen bevoegde diensten van de Commissie (de Directoraten-Generaal regionaal beleid, werkgelegenheid, sociale zaken en gelijke kansen, landbouw en plattelandsontwikkeling en visserij en maritieme zaken).