Global betrachtet unterstützten die Strukturfonds den Aufbau von Forschungskapazität in den Regionen, wobei die materiellen Rahmenbedingungen für die Forschung im Mittelpunkt standen, während das FTE-Rahmenprogramm der Gemeinschaft Gelder in grenzüberschreitende Forschungsprojekte steckte, die eine herausragende wissenschaftliche und technologische Qualität und eine besondere Wirkungskraft auf sozioökonomischen Gebiet haben.
Algemeen gesteld werd via de structuurfondsen de opbouw van onderzoekcapaciteit in de regio's gesteund, met het accent op de materiële aspecten. De communautaire OTO-kaderprogramma's daarentegen steunden transnationale onderzoekprojecten die gebaseerd waren op wetenschappelijke en technologische expertise met een specifiek sociaal-economisch effect.