Es besteht jedoch die Möglichkeit, die Instrumente zur Förderung von einander ergänzenden, aber getrennten Aktivitäten (z. B. Entwicklung umfangreicher Forschungsinfrastrukturen, wobei das RP7 die Vorbereitungsphase abdeckt und die Bauarbeiten durch die Strukturfonds gefördert werden), aufeinanderfolgenden Teilen zusammenhängender Projekte (z. B. verschiedene Phasen der Entwicklung einer Technologie im Laufe der Zeit: Grundlagenforschung, angewandte Forschung, Demonstration oder Markteinführung im Vorwettbewerbsstadium) oder von Projekten innerhalb desselben Netzes/Clusters zu kombinieren.
Er bestaat echter wel een mogelijkheid om de instrumenten te combineren ter ondersteuning van: elkaar aanvullende maar los van elkaar staande activiteiten (bijv. de ontwikkeling van belangrijke onderzoeksinfrastructuur, waarbij KP7 de kosten van de voorbereiding dekt en de structuurfondsen de aanleg), opeenvolgende onderdelen van onderling verbonden projecten (bijv. verschillende fasen in de ontwikkeling van een technologie in de loop van de tijd: fundamenteel onderzoek, toegepast onderzoek, demonstratie of nog niet concurrerende introductie op de markt) of projecten binnen hetzelfde netwerk of dezelfde cluster.
