Weiterhin ist in den Rechtsvorschriften über Pharmakovigilanz vorgesehen, dass die Agentur diese Aufgaben mit Mitteln aus dem EU-Haushalt sowie mit den von den Zulassungsinhabern zu entrichtenden Gebühren finanzieren können sollte.
Bovendien bepaalt de wetgeving inzake geneesmiddelenbewaking dat het Bureau in staat moet worden gesteld deze activiteiten te financieren met vergoedingen die worden betaald door vergunninghouders, als aanvulling op de middelen uit de begroting van de Unie.