In Bezug auf die Regelung spezifischer grenzüberschreitender Angelegenheiten soll die Agentur individuelle Entscheidungsbefugnisse bei Ausnahmeanträgen [5] für Infrastrukturvermögen von europäischem Interesse erhalten sowie die Entscheidungsbefugnis für das Regulierungssystem, das für Infrastrukturen mit Ausdehnung über ein Gebiet von mehr als einem Mitgliedstaat gelten soll.
Teneinde specifieke grensoverschrijdende problemen aan te pakken, wordt voorgesteld het agentschap eigen beslissingsbevoegdheid toe te kennen over verzoeken om ontheffing of vrijstelling[5] voor infrastructuur van Europees belang en om te beslissen over het regelgevingsstelsel dat van toepassing is op infrastructuur die zich uitstrekt over het grondgebied van meer dan één lidstaat.