Europol unterliegt folgenden Kontrollen, die vor allem der Überprüfung des ordnungsgemäßen Einsatzes der dem Büro zugewiesenen Ressourcen dienen: Haushaltskontrolle, internes Audit, Jahresberichte des Europäischen Rechnungshofs, jährliche Entlastung für die Ausführung des EU-Haushalts und mögliche OLAF-Untersuchungen.
Europol zal onderworpen zijn aan de volgende controles: begrotingscontrole, interne audit, jaarverslagen door de Europese Rekenkamer, de jaarlijkse kwijting voor het uitvoeren van de EU-begroting en mogelijke onderzoeken door OLAF om er met name voor te zorgen dat de aan de agentschappen toegewezen middelen juist worden gebruikt.