Außerdem sehen einige Mitgliedstaaten Einzelgenehmigungen für die Durchführung der Seekabotage für Schiffe vor, auf die die Verordnung oder allgemeine Ausnahmen von den darin festgelegten Anforderungen für Schiffe, die in Drittstaaten registriert sind und deren Flagge führen, keine Anwendung finden. Diese Einzelgenehmigungen gelten dann, wenn keine in einem Mitgliedstaat der Europäischen Union registrierten Schiffe verfügbar sind[13].
Bovendien verlenen sommige lidstaten individuele vergunningen voor cabotage in het zeevervoer aan schepen die niet tot de begunstigden van de verordening behoren of algemene ontheffingen van de vereisten van de verordening aan schepen die zijn geregistreerd in en de vlag voeren van een derde land indien er geen in een EU-lidstaat geregistreerde schepen beschikbaar zijn[13]. Dergelijke praktijken zijn niet in strijd met het Gemeenschapsrecht.
