Allerdings wurde die Richtlinie in einigen Fällen nicht korrekt umgesetzt oder falsch angewendet, insbesondere, was die Visaerleichterung, die Erteilung eines eigenen Aufenthaltstitels, die Berücksichtigung des Kindeswohls, das Recht auf Anfechtung einer Entscheidung sowie die günstigeren Bestimmungen über die Familienzusammenführung von Flüchtlingen betrifft.
In bepaalde gevallen werd de richtlijn echter onjuist omgezet of toegepast, met name inzake de versoepeling van de visumregeling, de toekenning van autonome verblijfstitels, de inaanmerkingneming van de prioritaire belangen van kinderen, het recht om beroep aan te tekenen en gunstiger bepalingen voor de gezinshereniging van vluchtelingen.
