Für die strategische Ausrichtung des EFSI wird der Lenkungsrat des EFSI zuständig sein: Ihm werden drei Experten der Kommission sowie ein Experte der EIB angehören. Darüber hinaus gibt es einen Investitionsausschuss, der im Einklang mit der strategischen Ausrichtung im Einzelfall darüber entscheidet, ob im Rahmen des EFSI bei einer Finanzierung durch die EIB die EU-Garantie eingesetzt werden soll.
Het EFSI krijgt een bestuur dat algemene beleidsadviezen geeft. Het bestaat uit drie deskundigen van de Commissie en één deskundige van de EIB. Daarnaast komt er een investeringscomité dat op basis van het algemene beleid in individuele gevallen beslist of de EU-garantie wordt ingezet voor EIB-operaties in het kader van het EFSI.