Davon abgesehen sind die finanziellen Ressourcen der Agentur problematisch, da diese selbstverständlich teilweise durch Zuwendungen finanziert werden muss, aber auch über die Gebühren der Betreiber, die um die Zulassung ihrer Flugzeuge ersuchen.
Dit neemt niet weg dat de financiële middelen van het agentschap een probleem vormen, aangezien het weliswaar deels gefinancierd wordt uit subsidies, maar ook uit de vergoedingen die de fabrikanten betalen voor de certificering van hun toestellen.