Gerade die Bindung an spezielle Protokolle hat bewirkt, dass Länder, die mit der Europäischen Umweltagentur zusammenarbeiten, wie beispielsweise die Westbalkanstaaten, nicht an der Anfangsphase des GMES-Programms teilnehmen konnten.
De eis dat er protocollen moeten zijn heeft de deelname van landen die met het Europees Milieuagentschap samenwerken, zoals de landen in de westelijke Balkan, aan de beginfase van het GMES-programma onmogelijk gemaakt.