Von der GOEM wurden einige Mängel bei der Verwaltung des EPPD festgestellt. So enthielt die der Kommission übermittelte Ausgabenmeldung einen Fehler; für ein Projekt wurde ein ungültiger Prüfbericht vorgelegt, ohne dass daraufhin entsprechende Schritte unternommen wurden; und es gab Entscheidungen über die den Projekten zu gewährenden Kofinanzierungssätze, die nicht dokumentiert waren.
Er zijn enkele tekortkomingen geconstateerd in het beheer van het EPD door het overheidsbureau Oost-Midlands, namelijk: een fout in de aan de Commissie gezonden uitgavendeclaratie; een verzuim om actie te ondernemen in een geval waarin een ongeldig project controleverslag is ingediend; en ongedocumenteerde besluiten met betrekking tot de aan de projecten toe te kennen cofinancieringspercentages.