Gespeist werden würde der Haushalt der Agenturen aus Zuschüssen aus dem Gesamthaushalt der Europäischen Gemeinschaften sowie ggf. aus Einnahmen der Agenturen als Entgelt für erbrachte Dienstleistungen zu Gunsten der in Frage kommenden Akteure; dabei müsste sichergestellt werden, dass die Agenturen nicht von dieser Art von Entgelten abhängig werden.
Deze begroting van de agentschappen zou moeten bestaan uit een subsidie ten laste van de algemene begroting van de Europese Gemeenschappen en eventueel ontvangsten als beloning voor diensten aan operatoren maar er moet wel voor worden gezorgd dat de agentschappen niet op deze beloning zijn aangewezen.