Da sie mit verschiedenen Brennstoffen betrieben werden können, bieten Brennstoffzellen die bei dem im Verkehr verwendeten Energiemix erforderliche Flexibilität (derzeit ist der Verkehr zu 98 % von Erdöl abhängig), erleichtern die Integration von Elektrizität aus erneuerbaren Quellen in den Strommarkt und stellen in der Verbindung mit Wasserstoff einen wirklich sauberen Energiewandler dar.
Aangezien brandstofcellen op diverse brandstoffen kunnen werken, brengen zij meer variatie in de energiemix voor de vervoerssector (die momenteel voor 98% is aangewezen op aardolie), vergemakkelijken zij de integratie van hernieuwbare elektriciteit in de energiemarkt en bieden zij in combinatie met het gebruik van waterstof een intrinsiek schone vorm van energieomzetting.
