Obgleich das GHS in Bezug auf die Testmethoden als „neutral“ bezeichnet wird, besteht die Möglichkeit, dass bei alternativen Testmethoden ( bei denen der Grundsatz der Ersetzung, Verringerung und Verbesserung der Verwendung von Tieren angewendet wird) Ergebnisse erzielt werden, die nicht vollständig den bestehenden Einstufungskriterien entsprechen, wobei zahlreiche dieser Kriterien sich auf In-vivo-Prüfungen oder direkt auf Wirkungen bei getesteten Tieren beziehen.
Hoewel het GHS vaak wordt gepresenteerd als een "testneutraal" systeem, kan het voorkomen dat alternatieve testmethoden (onder inachtneming van het beginsel dat het gebruik van dierproeven zoveel mogelijk moet worden vervangen, verminderd of geperfectioneerd) gegevens opleveren die niet direct voldoen aan de gebruikelijke indelingscriteria, waarvan er een groot aantal refereren aan in-vivoverschijnselen of rechtstreeks verwijzen naar effecten die worden geconstateerd bij "geteste dieren".
