Diese Verpflichtung lässt Fälle unberührt, in denen bestimmte PNR-Daten an eine zuständige Behörde übermittelt und von dieser für konkrete, gegen eine bestimmte Person oder eine bestimmte Personengruppe gerichtete Ermittlungs- oder Strafverfolgungshandlungen verwendet werden; in diesem Fall richtet sich die Speicherfrist nach dem innerstaatlichen Recht der Mitgliedstaaten.
Deze verplichting geldt niet wanneer specifieke PNR-gegevens zijn doorgegeven aan een bevoegde autoriteit en worden gebruikt in het kader van een strafrechtelijk onderzoek of voor tegen een bepaalde persoon of een bepaalde groep personen gerichte vervolgingshandelingen; in dat geval wordt het bewaren van dergelijke gegevens door de bevoegde autoriteit geregeld door het nationale recht van de lidstaat.