Auch die Art dieser Einrichtungen hat sich geändert: Während die ersten Fachagenturen vollständig aus dem Gemeinschaftshaushalt subventioniert wurden, werden die Einrichtungen der neuen Generation sowohl aus öffentlichen Mitteln (Zuschuss) als auch aus den Abgaben, die die Industrie in dem betreffendem Bereich zahlt, finanziert.
Ook het soort agentschappen heeft een wijziging ondergaan: terwijl de eerste agentschappen volledig met middelen van de communautaire begroting werden gesubsidieerd, bestaat de financiering van de nieuwe generatie agentschappen zowel uit overheidsmiddelen (subsidies), als uit heffingen die door bedrijven uit de desbetreffende sector worden betaald.
