Der Gemeinschaftsbeitrag und die Bareinzahlungen der teilnehmenden Staaten für BONUS werden zusammengefasst und zentral von der BONUS-EWIV verwaltet, wobei die teilnehmenden Staaten die Möglichkeit haben, ihre Bareinzahlungen ausschließlich eigenen Forschungsvorhaben vorzubehalten („Virtual Common Pot“).
De financiële bijdrage van de Gemeenschap en de contante bijdrage van de deelnemende staten aan BONUS worden in één gemeenschappelijke pot gebracht die op centraal niveau door het BONUS-EESV wordt beheerd, waarbij deelnemende staten de mogelijkheid hebben hun contante bijdrage uitsluitend te besteden aan binnenlandse onderzoeksprojecten ("virtuele gemeenschappelijke pot").