Im Hinblick auf die Agenturen sind auch angesichts vorhandener Präzedenzfälle unterschiedliche Optionen möglich, je nach dem, ob die diesen Einrichtungen übertragenen Aufgaben reine ausführende Funktionen oder auch Leitungsfunktionen beinhalten, und ob sie durch dieses Mandat in den Geltungsbereich des ersten Pfeilers und/oder dritten Pfeilers eingeordnet werden (z. B. die EBDD oder Europol).
Wat betreft agentschappen zijn er verschillende opties mogelijk, mede gezien de bestaande precedenten, afhankelijk van de vraag of de taken waarmee het betrokken lichaam is belast van louter uitvoerende aard zijn of directietaken omvatten en of zij op grond van hun mandaat tot de eerste pijler en/of tot de derde pijler moeten worden gerekend (bijvoorbeeld het EWDD en Europol).
