Um eine größtmögliche Wirkung zu erzielen, soll sich die EIDHR ab 2002 mittelfristig auf 4 Schwerpunkte konzentrieren: 1) Förderung von Demokratie, guter Regierungsführung und Rechtsstaatlichkeit; 2) Abschaffung der Todesstrafe; 3) Bekämpfung von Folter und Straflosigkeit sowie Unterstützung für internationale Gerichtshöfe und Strafgerichtshöfe; 4) Bekämpfung von Rassismus, Fremdenfeindlichkeit und Diskriminierung von Minderheiten und indigenen Völkern.
Om de impact te maximaliseren worden vier thematische prioriteiten voorgesteld, waarop het Europees initiatief voor de democratie en de bescherming van de mensenrechten vanaf 2002 en op middellange termijn wordt gericht: (1) democratisering, goed bestuur en rechtsstaat; (2) afschaffing van de doodstraf; (3) strijd tegen folteringen en straffeloosheid en bevordering van internationale tribunalen en strafrechtbanken; (4) bestrijding van racisme, vreemdelingenhaat en discriminatie van minderheden en inheemse bevolkingsgroepen.