Der in der Verordnung vorgesehene Kontrollmechanismus stützt sich wie bisher auf das Komitologieverfahren, d.h. auf Ausschüsse, die sich aus Vertretern der Mitgliedstaaten zusammensetzen und denen die Kommission Entwürfe für Durchführungsmaßnahmen unterbreitet; aber im Gegensatz zum derzeitigen System kann der Rat nicht mehr als Berufungsinstanz agieren.
Net als vroeger is het controlemechanisme dat in de verordening is vastgelegd, gebaseerd op "comitologie", comités dus bestaande uit vertegenwoordigers van de lidstaten die ontwerpen van uitvoeringshandelingen van de Commissie krijgen voorgelegd. Wat verandert ten opzichte van het bestaande systeem, is dat er geen rol meer is weggelegd voor de Raad als beroepsinstantie.