Außerdem bringt diese Praxis eine Vielzahl von Schwierigkeiten administrativer und materieller Art mit sich, wie sich vor allem in der problematischen Anlaufphase des operationellen Betriebs der Agenturen gezeigt hat: Festlegung auf einen vorläufigen Sitz; Problem der Anwerbung von Personal vor dem Hintergrund der Ungewissheit in der Frage des endgültigen Standorts, zusätzlicher Aufwand und praktische Schwierigkeiten beim Übergang von einem Provisorium auf einen endgültig festgelegten Sitz.
Bovendien leidt deze procedure tot bepaalde administratieve en materiële problemen die zich vooral in de toch al moeilijke aanloopfase van de activiteiten van de agentschappen hebben voorgedaan: de keuze van een voorlopige zetel, het probleem om personeel te werven zolang de plaats van de definitieve zetel nog niet bekend is, de extra kosten en de praktische moeilijkheden bij de verhuizing naar de definitieve zetel.
