Naast het hoofdprogramma - ontwikkeling van technologieën die weinig gevolgen hebben voor het milieu - stelt CLEAN SKY zich uiteraard op als op de luchtvaartsector gerichte tegenhanger van de gemeenschappelijke onderneming SESAR tot waarborging van de ontwikkeling van een veiliger en schoner luchtvervoerstelsel.
Neben ihrer Hauptaufgabe, die in der Entwicklung umweltfreundlicher Technologien besteht, positioniert sich die Initiative „Clean Sky“ bezüglich der Entwicklung eines sichereren und saubereren Luftverkehrssystems naturgemäß als das auf luftgestützte Anwendungen orientierte Gegenstück zum gemeinsamen Unternehmen SESAR.