Bij de invoering van Intrastat zijn echter bepaalde "kinderziekten" aan het licht gekomen (grote vertragingen bij de publicatie van gegevens, gebrekkige respons en de geringe kwaliteit van sommige individuele inzendingen), die de Commissie ertoe hebben aangezet een versterking van het systeem voor de verzameling van gegevens voor te stellen.
Einige offenkundige Anlaufschwierigkeiten von Intrastat (erhebliche Verzögerung bei der Veröffentlichung der Daten, hohe Ausfallquote und geringer Aussagewert einzelner Rücksendungen) haben jedoch zum Vorschlag der Kommission geführt, das Erhebungssystem auszubauen.
