Le coordinateur IAP national est aussi responsable de la coordination de la participation du pays bénéficiaire aux programmes transfrontaliers appropriés, avec les États membres comme avec les autres pays bénéficiaires, ainsi qu'aux programmes transnationaux, interrégionaux ou de bassin maritime au titre d'autres instruments communautaires.
De nationale IPA-coördinator is ook verantwoordelijk voor de coördinatie van de deelname van het begunstigde land aan de relevante programma’s voor grensoverschrijdende samenwerking met zowel lidstaten als andere begunstigde landen en de transnationale, interregionale en zeebekkenprogramma’s in het kader van andere communautaire instrumenten.