Andererseits befürchten diejenigen, die dagegen sind, dass die Software im Patentrecht überhaupt erwähnt wird, dass Softwarepatente die Regel werden könnten und es dadurch zu ständiger Rechtsunsicherheit über die Verwendung von zur Zeit frei im Umlauf befindlichen Algorithmen und technischen Lösungen kommt oder dass innovationshemmende Engpässe entstehen.
Anderzijds vrezen de tegenstanders van elke verwijzing naar software in het octrooirecht dat softwareoctrooien de algemene regel zullen worden, met als gevolgen permanente rechtsonzekerheid omtrent het gebruik van algoritmen en technische oplossingen die op dit ogenblik vrij circuleren, alsmede flessenhalzen die innovatie belemmeren.
